
Bioinformaticienne / Bio-informaticienne
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Biot, 60, Alpes-Maritimes, Hauts-de-France
Bioinformaticien-ne (CDD) Optimisation d'un pipeline en métabarcoding pour la caractérisation moléculaire de macro-organismes Environnement de travail, missions et activités Vous rejoindrez la plateforme IDMABIO de l'unité Institut Sophia Agrobiotech (ISA), dédiée au développement de méthodes de caractérisation moléculaire pour la lutte biologique. La plateforme propose plusieurs services : barcoding ADN, génotypage de microsatellites, amplification par amorces spécifiques. Ces travaux sont menés en collaboration étroite avec le plateau Bioinformatique et Génomique (BIG) de l'unité. Dans le cadre du développement du service de caractérisation moléculaire des macro-organismes, nous recherchons un-e bioinformaticien-ne pour optimiser un pipeline d'analyse de métagénomique ciblée. Missions principales : 1. Optimiser et automatiser le pipeline d'assignation taxonomique existant, basé sur des données de metabarcoding (COI). L'étape de démultiplexage devra faire l'objet d'un développement dédié. 2. Développer une interface conviviale et accessible pour les utilisateurs non bioinformaticiens de la plateforme. 3. Automatiser la génération de rapports d'analyse pour standardiser[...]